西暦2099年：恐ろしいウィルスが世界の人々に壊滅的被害を与える中、
海底深くにある科学研究基地では奇妙な事象が発見されていた。
それは人類の未来を決定しかねない物だ。
より詳しい調査に参加し、ハダル・プロジェクトの秘密を暴き出せ。
「TIMEストーリーズ レボリューション」は、「TIMEストーリーズ」世界の物語を紡ぐ新たなサイクルのミッションだ！
ゲームのルールなどは変わったが、人類と時空間の連続性を守る機構の任務は変わっていない。

「ハダル・プロジェクト」は「TIMEストーリーズ レボリューション」サイクルのミッションの一つで、完全に独立したゲームであり、それぞれのミッションにには単独でルールそのほか必要なものがすべて含まれ、「基本のコンポーネント」を必要とせず、どのミッションからでもプレイ可能となっている（T.I.M.Eストーリーズ基本セットは必要ありません）。

「レボリューション」からの新たなルール・要素としては、裏向きのパンチボードで管理された展開の秘匿や、従来のサイズの物語カードのほかに、サイズの異なるプレイヤーの‘器’ごとに用意される個人カードや地図などの共通情報の一般カードでの情報の管理、前サイクルの結末で“シアーンズ”よりもたらされた時間移動のリソースともいえるアズラク結晶による時間管理、ダイス判定を廃した能力値判定など、プレイアビリティも向上している。

ストーリー的には、前作をプレイしてからプレイすることも可能だし、『ハダル・プロジェクト』からプレイしてもかまわない。

はたして、君たちは超深海(ハダル)に横たわる謎を解き明かし、人類を救うことができるだろうか？